Die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde Bad Salzungen besteht als eigenständige Körperschaft seit 1981. Doch die Geschichte unserer Gemeinde reicht viel weiter zurück bis ins Jahr 1912, als sich unter der Initiative von Ludwig Knothe, einem Salzunger Gärtner und Landwirt, eine kleine Gemeinschaft gläubiger Christen bildete und sich in Knothes Haus zu Gottesdiensten traf.Im Jahr 1953 - bis dahin war der Besuch der Hausgottesdienste auf bis zu 30 Menschen gestiegen - wurde die Gemeinde verboten und Knothe kurzzeitig verhaftet. Der Grund lag darin, dass die Gemeinde bis dato nicht registriert war und somit auch kein Körperschaftsrecht hatte.
So schloss man sich der Baptistengemeinde Meiningen an, die zum Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in der DDR gehörte.1967 wurde der erste eigene Pastor der Gemeinde, Dieter Malchow, für Bad Salzungen und Vacha berufen und die Gemeinde hatte fortan die Möglichkeit sich in den Räumlichkeiten der Landeskirchlichen Gemeinschaft zu Gottesdiensten zu versammeln. Während dieser Zeit entstanden eine Jugend-, Frauen- und Öffentlichkeitsarbeit, die gute Früchte trugen. Auch ein kleiner Chor wurde gegründet.
Als 1977 Johannes Beyer Pastor unserer Gemeinde wurde, setzte sich die Entwicklung hin zur Selbstständigkeit fort, so dass am 11. Oktober 1981 die Konstituierung als eigenständige Gemeinde mit Körperschaftsrecht im Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden begangen werden konnte.

Die Suche nach eigenen Räumlichkeiten wurde bereits seit den 60er Jahren intensiviert, führte jedoch erst 1985 zum Erfolg, als der jetzige Gemeinderaum auf dem Grundstück der Erbengemeinschaft Knothe in der Langenfelder Str. 4 nach jahrelangen Ausbauarbeiten bezogen werden konnte. Zuvor (1983) war Pastor Hannes Hädicke in den Dienst unserer Gemeinde berufen worden, unter dessen Leitung die Gemeinde auch die turbulente politische Wendezeit erlebte. 

Von 1992 an teilte sich unsere Gemeinde mit der Gemeinde Meiningen mit Friedemann Heinrich einen Pastor in Personalunion. Die neue politische Situation eröffnete uns neue Möglichkeiten, wie zum Beispiel Verbindungen zu Gemeinden in den USA oder die Durchführung von Gästegottesdiensten.Gruppen von Jugendlichen aus Raleigh/North Carolina in Bad Salzungen begrüßen durften. Bei Sprachlernkursen, Sport und Jugendgottesdiensten wurden viele Kontakte zu Schülern und Jugendlichen in unserer Stadt geknüpft. Ebenso konnte im Austausch eine Gruppe aus Bad Salzungen nach Amerika zu einem Gegenbesuch reisen. Einige der Jugendlichen entschlossen sich auf diese Erlebnisse hin zu einem Leben mit Jesus Christus. Im Jahr 2004 erfolgte eine komplette Sanierung und Modernisierung unseres Gemeinderaumes. Sowohl gestalterisch als auch technisch konnte so das Aussehen unserer Räumlichkeiten auf neuesten Stand gebracht werden. So bekam der Raum eine neue Farbgebung, wurde die Beleuchtung angenehmer gestaltet und auch eine neue hochwertige Beschallungsanlage mit einer Verstärkungsmöglichkeit für Hörgeschädigte eingebaut. Ein Jahr später, 2005, beendete Pastor Friedemann Heinrich seinen Dienst in Bad Salzungen.
Sein Nachfolger wurde Pastor André Manke, der mit seiner Familie das Gemeindeleben sehr bereicherte und von 2006 an als alleiniger Pastor im Dienst unserer Gemeinde stand. Im Jahr 2009 folgte er mit seiner Familie dem Ruf, Pastor der Volksmission in Graz (Österreich) zu werden.

Seit 2010 ist Rainer Kühnel, der zuvor viele Jahre in Schmiedeberg tätig war, als Pastor in unserer Gemeinde tätig.